FMT被認为是确认和证明肠道微生物研究中因果关系的黄金标准[2731]。然而，这些人源化模型中的宿主和微生物关系不一定可以反映人类中的真实关系，因为肠道菌群被移植到不同物种的宿主中。FMT是否移植成功，尚无明确的评价标准和体系。总的来说，目前的评价标准是：通过对FMT后小鼠和人源供体的肠道菌群进行基因测序分析，查看菌属的丰度和物种是否具有相似性，鉴定FMT受体小鼠是否出现了与人源供体相似的特异性表型。为使FMT能更广泛地应用于中医药防治糖脂代谢病，可能需要一个更加精准且合理的评价标准。

    3.5FMT后代谢表型数据解释中的常见问题

    3.5.1移植后未出现表型转移很多研究人员发现FMT实验在移植后未出现表型。例如，Kristine H.Allin等人[32]在实验中发现无法将糖尿病前期表型通过FMT转移给小鼠，这可能有多种解释。1)有些疾病的肠道微生物群的改变太过微妙，例如肥胖手术和二甲双胍引起的改变[3334];2)关键菌群的移植程度可能太弱[23，35];3)由于小鼠和人类饮食差异、免疫应答的宿主特异性和本地微生物群的竞争等方面存在着相当大的差异 ......